Über einen Radialventilator  wird die Abluft angesaugt und zunächst in eine Konditionierungsstufe geführt, wo die Abluft befeuchtet (über 95% rel. Luftfeuchtigkeit) und von leicht kondensierbaren Stoffen befreit wird.
Nach Passieren der Befeuchtersufe wird die Abluft in den unteren Luftverteilerraum gedrückt .
Das Biofilter Schüttgut, das auf dem Gitterrost lagert, wird von der Abluft von unten gleichmäßig und vollumfänglich angeströmt - zuerst die Anströmschichte(z.B.: bio FHXA), dann die Kernschichte (z.B.: bio KMXK).
Bei Passieren des Biofilter Schüttguts werden die Geruchsstoffe biologisch abgebaut und in unbedenkliche Produkte wie Zellsubstanz + CO2 + H2O umgewandelt. Die Boofilteranlagen werden in der Regel auf eine Reinigungsleistung von 95-98%  bezogen auf z.B.: H2S und NH3 bei Einhalutng der Maximaleingangswerte ausgelegt.
Eine Belastung mit toxischen Eingangswerten und Stoffen, wowie fehlender Sauerstoffgehalt, muss ausgeschlossen werden. Die Biofilteranlage ist ausschliesslich zur Reinigung von biologisch abbaubaren Geruchsstoffen konzipiert. Anteile von Feststoffen und Stäuben müssen vor dem Biofilter mit einer separaten Filterung (z.B.: Taschenfilter...) abgeschieden werden.